新生儿出现便秘有多种方面的因素，比如神经方面的因素，以及肠道解剖结构方面的因素。一方面需要考虑先天性肠闭锁。另一方面，需要考虑功能性。此外，需要警惕先天性巨结肠。
1.先天性性肠闭锁：新生儿由于先天性发育问题，会出现结肠闭塞。临床上表现为低位肠梗阻症状，通过直肠指检可以见到少量灰白色胶冻样便。这类孩子，我们用盐水灌肠，同样不能排便。腹部立位平片，可见整个下腹部无气。我们可以通过钡餐x线造影，可明确诊断。
2.功能性便秘：这是一种原因不明的慢性腹泻。可分为慢传输型，出口梗阻型，还有混合型。临床上表现为排便次数减少，排便费力，粪块较硬或呈球状。排便不尽感。有时可借助人工方法来协助排便。诊断需借助钡剂灌肠或肠镜检查排除器质性疾病。
3.先天性巨结肠：本病主要是由于远端结肠持续痉挛，使粪便滞留，导致肠管肥厚，扩张。临床上表现为胎便排出延迟，顽固性便秘和腹胀。一般在出生2到3天后出现低位肠梗阻症状以后可出现顽固性便秘。3到7天，甚至1到2周，排便一次。钡气灌肠检查可较为准确显示痉挛短及其上方的扩张肠管。
