讲述到最终，是中西医两套知识系统的不同。
古往今来，中医有一套独特的诊断病症的方法——“辩证”。当然中医也讲究“辨病”，但在过去几千年来诊疗手段比较匮乏的时代，我们不得不在确定中医病名后以辩证作为首先。当然，在诊疗手段桌布跟上西医水平的现在，中医在诊断看病时，也需要尽可能明确西医诊断。中医辩证的“证”，实际上是通过中医师临床详细的采集信息，利用望、闻、问、切对采集的信息进行推理判断，运用各种辩证方法，审证求因，以确定疾病的部位和性质，然后得出本病的中医病名之后，在本中医病名之下的四个或六个不等的分型范围中得到一个具体的证明，最后运用中医体系的行为干预方法，根据从病家采集而来的信息进行证候分辨治疗。这一过程，为中医之辨病基础上的“辩证”，其中每个环节都饱含着中医基础理论的光辉，中医以此来诊断疾病。也有某些医师，在诊断本病时，仅仅辨中医的病名而不辩证，在西医诊断明确甚至不明确诊断时，直接用一个或家传或自拟的经验方用药，而不加以辩证。允许不同流派的存在共同发展，也是中医诊疗的一个特点。
中医辩证西医在借助现代科学知识和方法，如消化道内镜、X线气钡灌肠造影、B超、CT、MRI、组织病理学、手术确诊及其他现代诊断手段[包括仿真CT肠镜、胶囊内镜、核素显像炎症定位检查、抗中性粒细胞胞浆抗体（ANCA）检查]，根据发病特点、主要症状及体征、实验室及其他检查来发现病例，排除肠道其他疾病后确诊本病，并根据临床类型，严重程度、病变范围、病变分期把本病又分为各个小类。
西医检查目前，本病病因尚未完全明确，众说纷纭，也尚未找到特异性的诊断指标。中西医诊断本病的最大区别在于：中医诊断本病强调整体观，他的病史采集不仅仅针对疾病本身，还着重于人的整体各个方面。西医诊断强调病因，众家根据各自对本病的理解，以及由此理解产生的研究方向找到一个可以解释疾病病症体征的学说，根据这种学说来梳理一个病因。由此而形成了，中医根据它整体观的方法对疾病进行已在辨病的基础上的辩证分型为诊断，西医根据它找到的病因着重以病论治；中医诊断对病史采集比较详细和具体，西医诊断对采集病史的内容相对比较简单明了，西医诊断更依靠于各项理化的检查而相对较疏离了与患者病况的直接交流。所以中医诊断本病的流程比较贴近病患，显得更人性化。
中西医结合是我国医学研究的有事，为西医以辨病为重于中医以辩证为主的相互结合的诊疗方法。这是在认识到中西医诊断疾病各有所长、各有所不足的基础上，总结出的相对较为全面和科学的诊断标准，是比较符合我国国情的综合诊断标准，是值得推广和应用的。
